V toku Ploučnice je rozvinuta především makrofytní vegetace vodních toků – stanoviště s potenciálním výskytem makrofyt nebo se zjevně přirozeným či přírodě blízkým charakterem koryta, podél řeky se pak vyskytují zejména bylinné lemy nížinných řek, vegetace vysokých ostřic, říční rákosiny a rákosiny eutrofních stojatých vod.